Apigenin có nguồn gốc sinh học từ con đường phenylpropanoid chung và con đường tổng hợp flavone.[18] Con đường phenylpropanoid bắt đầu từ các axit amin thơm L-phenylalanine hoặc L-tyrosine, cả hai sản phẩm của con đường Shikimate.[19] Khi bắt đầu từ L-phenylalanine, đầu tiên axit amin không bị oxi hóa bởi phenylalanine ammonia lyase (PAL) để tạo ra cinnamate, tiếp theo là oxy hóa ở vị trí para bởi cinnamate 4-hydroxylase (C4H) để tạo ra p -coumarate. Vì L-tyrosine đã bị oxy hóa ở vị trí para, nó bỏ qua quá trình oxy hóa này và chỉ đơn giản là bị khử bởi tyrosine ammonia lyase (TAL) để đến p -coumarate.[20] Để hoàn thành con đường phenylpropanoid chung, 4-coumarate CoA ligase (4CL) thay thế coenzyme A (CoA) tại nhóm p -coumarate carboxy. Bước vào con đường tổng hợp flavone, enzyme chalcone synthase (CHS) loại III polyketide sử dụng ngưng tụ liên tiếp ba chất tương đương malonyl CoA sau đó là aromatization để chuyển p-coumaroyl-CoA thành chalcone.[21] Chalcone isomerase (CHI) sau đó đồng phân hóa sản phẩm để đóng vòng pyrone để tạo ra naringenin. Cuối cùng, một enzyme flavanone synthase (FNS) oxy hóa naringenin thành apigenin.[22] Hai loại FNS đã được mô tả trước đây; FNS I, một enzyme hòa tan sử dụng 2-oxogluturat, Fe2+, và ascorbate như các đồng yếu tố và FNS II, một cytochrom p450 monooxygenase gắn màng.[23]